Как отмечает Фрэн Айс, студия Naughty Dog дает разработчикам достаточно большую творческую свободу. Даже простые программисты имели прямой канал связи с самим Нилом Дракманном, и они могли высказывать ему любые претензии или идеи для улучшения проекта, даже если это выходило за рамки их специализации. В целом команда уделяет очень много внимания проработке деталей, как сюжетных, так и игровых, что часто игнорируется в других студиях.
Что касается The Last of Us: Part 2, весь сюжет игры был написан и известен всем сотрудникам студии еще в самом начале разработки игры. Многие сотрудники до самого релиза спорили о некоторых сюжетных поворотах и финалах, но в целом все остались довольны драматической составляющей и главным посылом истории. Больше всего проблем у Naughty Dog возникло с тем, чтобы заставить игроков сопереживать Эбби. По словам Айса, даже ему было сложно сопереживать героине, хотя он провел много времени за игрой и хорошо знает этот персонаж. Но он все равно считает, что в конечном продукте им удалось донести свою точку зрения.
В финальной схватке с Эбби изначально предполагалось, что игроку будет предложено утопить ее, нажав на кнопку, но без возможности сделать это в полной мере, чтобы игрок понял, что должен добровольно сохранить ей жизнь. Некоторые участники тестирования просто продолжали нажимать на кнопку, чтобы попытаться прикончить Эбби, но это не очень хорошо работало. Фрэн рассматривал возможность предоставления игрокам реального выбора, но он знал, что команда не согласится на это, поскольку история должна была закончиться так, чтобы более четко передать суть оригинальной истории.